孔军博士出生于1971年3月1日，就读于中国浙江大学，主修生物医学工程。1999年，获得生物医学工程博士学位。

1999年9月，孔博士加入了上海西门子医疗器械有限公司研发部；2001年初，孔博士被任命为产品支持部经理；2003年起，他担任公司CT产品生命周期管理流程（CT PLM）总监；2008年起，孔军博士兼任公司CT事业部总经理；2013年11月1日，孔军博士出任西门子（中国）有限公司医疗业务领域高级副总裁兼医学影像和治疗集团总经理。